खुम्ब अनुसंधान निदेशालय के अधिदेश में खुम्ब के सभी पहलुओं पर मिशन के रूप में नवीनतम अन्वेषण करने, मशरूम जर्मप्लाज्म व सूचना भण्डारण तथा अतिप्रतिष्ठित विद्योपार्जन केन्द्र के रूप में कार्य करना है। इस निदेशालय को देश के क्षेत्रीय महत्व की समस्याओं के समाधान के साथ-साथ पूरे देश में फैली खुम्ब अनुसंधान इकाईयों के कार्यक्रमों के समन्वयन की भी उत्तदयायित्व सौंपा गया है ताकि देश में खुम्ब उत्पादन एवं उत्पादकता दोनों में शिघ्र वृधि हो सके। यह निदेशालय मानव - संसाधन विकास तथा तकनीकी हस्तांतरण में भी अहम भूमिका निभाने को कृत संकल्प है, तथा खुम्ब उद्योग के साथ-साथ ग्रामीण जनता की गरीबी दूर करने के लिये भी समुचित तकनीकी सहायता प्रदान करने को कटिबद्ध है। खुम्ब अनुसंधान निदेशालय का अधिदेश निम्नलिखित हैः-
प्रौधोगिकियों के विकास के लिए सभी खाद्य मशरूम की उत्पादकता बढ़ाने के लिए बुनियादी उपयोग, रणनीतिक और व्यवहारिक अनुसंधान का संचालन करना। खाद्य मशरूम पर एक राष्ट्रीय वैज्ञानिक जानकारी का भंडार के रूप में कार्य करना। वैज्ञानिक नेतृत्व प्रदान और मषरूम उत्पादन के क्षेत्र में विशिष्ठ समस्याओं को सुलझाने के लिए राज्य कृषि विश्वविद्यालयों के साथ नेटवर्क के अनुसंधान का समन्वयन करना। आधुनिक तरीकों से मशरूम उत्पादन के लिए प्रौधोगिकी उन्नयन और प्रषिक्षण के लिए एक अनुसंधान केन्द्र के रूप में कार्य करना। मशरूम अनुसंधान और विकास में परामर्श प्रदान करता।